고려시대(918~1392) 역사 기록에서 거제에 대한 기록은 현종 9년(1018)에 고성현을 거제에 편입했다는 기사가 최초다. 

고려사에 따르면 고성을 거제에 소속해 자고현(自固縣)으로 부르고 현령을 뒀다고 기록돼 있다. 그러나 거제는 이미 성종(成宗) 2년(983)에 처음 12목(牧)을 설치했을 때 진주(晋州)에 속해 있었고 이때부터 35년 동안 잠시 기성현(岐城縣)이라는 이름으로 불렸던 것으로 보인다. 

'신증동국여지승람(新增東國輿地勝覽)' 거제현 관풍안에는 거제의 옛 이름 중 상군(裳郡)·기성(岐城)이 있다고 기록돼 이 시기 거제의 명칭이 기성(岐城)이었던 것으로 추정되기 때문이다. 

기성은 거제의 정식 지명이 아닌 별호(別號)였으나 고려와 조선시대 약 900년간 거제의 또 다른 이름으로 널리 사용됐다. 

고려 건국 이후 거제는 신라시대부터 이어진 3속현과 부곡제를 그대로 유지했는데 거제의 3속현은 신라시대 거로현(巨老縣)·매진이현(買珍伊縣)·송변현(松邊縣) 등이었다가 신라 35대 경덕왕이 아주현(鵝洲縣)·명진현(溟珍縣)·남수현(南垂縣)으로 고쳤다. 고려시대에는 남수현을 다시 송변현으로 고쳐 불렀다. 

거제는 고려시대의 지방제도 개혁에 따라 군(郡)에서 현(縣)으로 변경됐고, 하청부곡…죽토부곡·덕해향·고정부곡·연정장은 신라시대에 이어 이어졌다.

거제는 12목 개편 때에는 상군에서 진주목 거제현(縣)이 됐고, 다시 10도 중 산남도(山南道) 진주절도사 아래 거제현으로 개편됐다. 고려시대 거제현의 관아는 둔덕면 거림리로 지난 1995년 동아대박물관팀이 '거제고군현치소지(巨濟故郡縣治所止)'를 발굴하면서 이를 증명하고 있다.

고려의 지방제도 정비 개편은 성종 2년(983)에서야 진행된다. 이 시기 고려는 12목(牧)을 설치하고, 성종 14년(995)에는 12목을 고쳐 전국을 10도로 나눈다. 12목은 12주 절도사로 개편 후 각 도 아래 다시 주(州)·부(府)·군(郡)·현(縣)을 뒀다. 

현종 3년(1012) 절도사를 파하고 5도호부와 양(楊)광(廣)충(忠)청(淸)진(晋)경(慶)길주(안동)의 7주에 안찰사를 둔다. 고려는 현종 9년(1018) 또다시 지방제도를 개편해 전국을 4도호부 8목으로 나눴다.

한편 고려의 중앙정치 조직은 2성 6부제로 이는 당의 3성 6부제를 수용해 고려의 실정에 맞게 조정한 것으로 국가의 정무를 의논하는 최고의 정치기관인  중서문하성과 상서성 아래 이부병부호부형부예부공부 6부가 있었다.