이 지시에 따라 창원감리와 거제군수 등은 송진포 마을에 도착해 피해 상황을 조사하고 보고서를 작성했다.

1904년 6월 2일 이태정 창원감리는 송진포 및 부근 마을의 논밭과 주택을 일본 병사가 직접 백성들에게 수매한다는 사정을 듣고 마산항 주재 일본 영사와 면담했다.

미우라 영사는 "거제군 및 각 군에 일본군용으로 침범한 논밭과 주택 일절을 해당 주민들에게 손해비를 지급하고자 순검(지금의 경찰, 영사관 경찰)을 파견해 상세히 조사해야 했다"며 주민들에게 지급한 금액이 밭 1두락 당 15냥, 논 45냥, 주택 이전비 1칸 당 상등급 45냥, 중급 35냥, 하급 25냥으로 책정하고 어느 명목에 얼마라는 문서를 주고받지는 않았다고 설명했다. 

그러나 정부는 미우라 영사가 손해비를 지급한 것은 구휼의 뜻이지 제대로 가격을 받는 것은 아니고 문서도 받지 않으니 다시 법적으로 처리해야 한다고 강경한 의지를 밝혔다.

이러한 상황에 이르자 1904년 6월 20일 창원감리 이태정은 미우라 영사에 의해 처리된 주민 보상 명목을 인정할 수도 없고, 그 과정에서 주민들마다 균등하게 가격을 치루지 않았음을 정부에 보고했다.

이태정은 미우라에 의해 송진포 주민들에게 '손해비'로 지출된 내역을 상세히 분석해 본 결과, 주택에 대해 보상비가 아닌 이건비(이전비용)이며, 논밭에 대해 방매 또는 가문이라고 쓰고 있으며, 두락 당 가격도 균등하지 못하고, 공토라는 이유와 일본정부가 조선백성의 손해를 염려하여 지급한다는 뜻이 담겨 있으니 부적절하다고 지적했다. 따라서 정부는 백성들의 피해가 없어야 한다며 다시 거제군에서 조사해 보고서를 제출하도록 요청했다.

1904년 7월 5일 권중훈 거제군수 는 장목리 소관청포(小官廳浦) 전답 창고를 일본 경찰 경부와 순사가 와서 송진포와 같이 진지에 속한다 하고 측량 후 점령한 일과 일본영사와 순사가 송진포 부근 7개 마을과 황리(黃里) 운방(雲房)에 와 전답과 주택의 손해금을 지출했다는 사실을 정리해 보고했다.

8월 9일 권중훈 군수는 일본영사가 침탈한 송진포 외 7개 마을의 토지에 대해 손해배상을 해 줌에 있어 백성들의 땅이나 국유지를 장부에 기록되어 있는 것도 있음으로 이것도 백성들의 안정을 위해 보상해야 한다고 정부에 보고했다.